MySQL の権限テーブルを作成します。
この作業は mysql_install_db コマンドを使って行います。
また MySQL の設定ファイルを作成して MySQL のデータディレクトリの所有者を設定します。

MySQL 権限テーブルの生成

mysql_install_db スクリプトは MySQL の全ての権限を管理する mysql データーベースと MySQL のテストに使用できるデーターベースを作成します。
この作業は MySQL をインストールした後に一度だけ行います。

# /usr/local/mysql/bin/mysql_install_db --user=mysql

MySQL の設定

MySQL の設定ファイルの雛形がインストールディレクトリ（share/mysql）に存在します。
このファイルをデータディレクトリ（/usr/local/mysql/var）にコピーして MySQL の設定ファイルを作成します。

# cp /usr/local/mysql/share/mysql/my-medium.cnf /usr/local/mysql/var/my.cnf

ディレクトリの所有者の変更

MySQL のバイナリの所有者を root に変更し、データディレクトリの所有者を MySQL 実行ユーザーに変更します。

# chown -R root /usr/local/mysql-4.1.21
# chown -R mysql /usr/local/mysql-4.1.21/var
# chgrp -R mysql /usr/local/mysql-4.1.21